EMÜ nõukogu otsusega 29. juunil 2005. a. loodud teadusloo keskus jätkab laiendatud vormis ja sisus 1976. a. ENSV Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudi juurde loodud Karl Ernst von Baeri muuseumi (kandnud erinevatel perioodidel erinevaid nimesid) uurimistraditsioone. Teadusloo keskuse asukohaks on ajalooline Baeri maja ning seepärast rõhutab ta oma sümboolikas ja rekvisiitides lisaks EMÜ ning teadusloo keskusega seotud tunnustele kuulsaima Eestist pärit loodusuurijaga seotud elemente. Teadusloo keskuse selline taust lisab (lisaks K. E. v. Baeri pärandi konkreetsele uurimisele) institutsioonile veel ühe olulise tööaspekti – baltisaksa kultuuriloo uurimise 18.–20. sajandini. Perspektiivse uurimisvaldkonnana nähakse teadusloo keskuses looduskasutuse ja keskkonnakaitse ajaloo uurimist.