Das mit dem Beschluss des Rates der ELU am 29. Juni 2005 gegründete Zentrum für Wissenschaftsgeschichte setzt in erweiterter Form und mit vertieftem Inhalt die Forschungstraditionen des 1976 beim Zoologischen und Botanischen Institut der Akademie der Wissenschaften der ESSR gegründeten Karl-Ernst-von-Baer-Museums (welches zu unterschiedlichen Zeiten unterschiedliche Namen getragen hat) fort. Der Sitz des Zentrums für Wissenschaftsgeschichte befindet sich im historischen Baer-Haus. Deshalb werden bei Symbolik und Requisiten – neben den mit der ELU und dem Zentrum der Wissenschaftsgeschichte verbundenen Merkmalen – die im Zusammenhang mit dem berühmtesten Naturforscher estnischer Herkunft stehenden Elemente hervorgehoben.  Dieser Hintergrund des Zentrums der Wissenschaftsgeschichte verleiht der Institution (neben der konkreten Erforschung des Erbes von K. E. v. Baer) noch einen wesentlichen arbeitsbezogenen Gesichtspunkt – die Forschung der deutschbaltischen Kulturgeschichte im 18.–20. Jahrhundert. Als Forschungsgebiet mit Perspektive wird im Zentrum der Wissenschaftsgeschichte die Forschung zur Geschichte der Naturverwertung und des Umweltschutzes betrachtet.

Das Hauptziel der Tätigkeit des Forschungszentrums der Wissenschaftsgeschichte der Estnischen Landwirtschaftlichen Universität (auf Englisch Centre for Science Studies of the Estonian University of Life Sciences, nachfolgend „Zentrum“ genannt) sind Forschung und Publikationen zu Themen im Bereich Wissenschaftsgeschichte (darunter Medizingeschichte), Wissenschaftsphilosophie und Wissenschaftspolitik (darunter Politik der Sozialwissenschaften), die auf den gemeinsamen Nenner „Wissenschaftsgeschichte“ gebracht werden können. Die Aufgabe des Zentrums besteht in der Erforschung und Popularisierung der Wissenschaftsgeschichte in der estnischen Gesellschaft, um deren Zusammenhänge mit den Themen der wissenschaftlichen Entwicklung der übrigen Welt zu beleuchten. Das Arbeitsgebiet des Zentrums umfasst auch die Vorbereitung und Durchführung von Vorlesungsreihen an der Estnischen Landwirtschaftlichen Universität, an der Universität Tartu und an anderen Hochschulen.